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En Ecuador, la primera vez que una aeronave tripulada se elevó hacia el cielo, fue el 4 de diciembre de 1842, cuando el aeronauta José María Flores despegó de los patios del convento de San Agustín hasta cubrir el cielo del centro de Quito en un globo de aire caliente.
Pero sería muchos años más tarde, el 6 de noviembre de 1912, cuando llegaría el primer avión al país, se trató de un Farman con motor de 50 CV de potencia, perteneciente al chileno Eduardo Molina Lawin, este aeroplano realizó varios vuelos de exhibición en Guayaquil, despegando desde el Jockey Club. Al ser invitado a tomar parte en uno de esos tempranos vuelos, el Mayor Julio E. Jáuregui, Jefe Militar de Guayaquil, se convirtió en el primer ecuatoriano en volar en avión.
En 1911 el Club Guayas de Tiro y Aviación, con la intención de apoyar la actividad aérea en el país, se propuso preparar al primer piloto ecuatoriano, y fue seleccionado el joven Cosme Rennella Barbatto, socio fundador del club y destacado deportista, para ingresar en la Escuela de Aviación de la Sociedad Chiribiri & C., de Mirafiori (Turín), Italia donde se brevetó de piloto el 28 de agosto de 1912. Posteriormente Rennella, patrocinado por la mencionada organización, transportó al Ecuador el primer avión de propiedad nacional, se trató de un monoplano del tipo Nieuport Novara e Valgoi, con motor de 50 caballos y el 8 de octubre de 1913 en el Jockey Club de Guayaquil, se realizó la ceremonia de bautizo de este avión con el nombre de Patria Nº1 y realizó vuelos de prueba ante el entusiasmo de la multitud congregada, lamentablemente esta iniciativa privada no logró el necesario apoyo oficial y poco después Rennella se ausentaría del país por más de 10 años, recorriendo varios países del continente impulsando la aviación y participando en la Gran Guerra.
Otro precursor de la aviación ecuatoriana fue Pedro Traversari Infante, oficial del ejército, que obtuvo su brevet de aviador militar en Chile el el 16 de agosto de 1917 realizando vuelos de demostración en Guayaquil en junio de 1919 y junio de 1920.
El impulso definitivo para la institucionalización de la aviación militar ocurrió por intermedio de un entusiasta periodista guayaquileño José Abel Castillo director propietario del Diario El Telégrafo quien de su peculio adquirió un Hanriot HD.1 al que bautizó como Telégrafo I, este avión al mando del piloto italiano Elia Liut realizó su primer vuelo en Guayaquil el 8 de agosto de 1920, el coronel Francisco Gómez de la Torre, Jefe de la Zona Militar de Guayaquil, después de presenciar el vuelo, envió al Presidente de la República y al Jefe del Estado Mayor, un telegrama en el que destacó la enorme importancia que tenía la aviación y la necesidad de apoyo a esta actividad, poco tiempo después, el presidente Dr. José Luis Tamayo logró que el Congreso Nacional emita un decreto con fecha 27 de octubre de 1920, autorizando el establecimiento de la escuela militar de aviación, siendo esta fecha la que se considera como génesis de la FAE.
Durante los años veintes y los años treintas la avición militar ecuatoriana como unidad subordinada al ejército estuvo orientada básicamente por pilotos y consejeros militares italianos a través de convenios oficiales entre Ecuador e Italia. Sin embargo frecuentemente la aviación estuvo carente de recursos y equipos, demorando el desarrollo del arma aérea en Ecuador.
Durante la invasión peruana al Ecuador en julio y agosto de 1941 la aviación militar solo contaba con pocos aviones de entrenamiento y observación en tanto que la fuerza adversaria contó con decenas de aviones de todo tipo.6 Posteriormente a este conflicto durante los años de la SGM la aviación militar ecuatoriana se consolidó definitivamente con el apoyo de una misión militar de los Estados Unidos, país que destacó dos bases aéreas en territorio ecuatoriano para la defensa del Canal de Panamá.
El 31 de diciembre de 1943 oficialmente se reconoció a la aviación militar como una rama independiente del ejército teniendo como primer comandante al Mayor de Aviación Bayardo Tobar Albuja.